El Santuario de San Miguel de Aralar, o San Miguel in Excelsis, está situado en una de las cimas de la sierra de Aralar, donde antiguamente existía un templo romano para proteger la antigua vía romana que transcurría por el valle. Es uno de los centros de espiritualidad más importantes de Navarra.

Entre los años 60 y 70 del siglo pasado, se hicieron unas excavaciones y se descubrió que el santuario está edificado sobre una iglesia prerrománica del siglo IX, de la que quedan algunos sillares en el ábside central, de un color más oscuro, y tres ventanas de herradura que hay en el mismo ábside.

Los primeros documentos que hablan del santuario, una vez destruida la iglesia prerrománica, datan del 1032. Posteriormente sabemos que fue consagrada el 1074, probablemente al terminar la cabecera del templo. Después de cuarenta años de trabajos, en el 1141, se terminó el edificio durante la primera mitad del siglo XII, momento en que se volvió a consagrar.

El templo tiene adosado a mediodía un cuerpo de dos plantas y de factura posterior, que permite el acceso al recinto.

Desde este espacio se accede a un nártex, situado de forma transversal a los pies del templo dándole un sentido independiente como si se tratara de una nave, que permite el acceso al templo. Está cubierto con bóveda de cañón reforzada por arcos dobles, que se apoyan en pilares rectangulares.

El nártex se comunica con las nave mediante tres puertas enrejadas.

La puerta principal es la más grande, con arco de medio punto rodeado por un guardapolvo ajedrezado, dos columnas con impostas lisas y capiteles decorados con una cara simiesca de donde salen motivos florales y cenefas enlazadas por su boca.

Las tres naves constan de cuatro tramos, siendo las laterales más estrechas que la nave central.

La separación entre naves se realiza mediante arcos formeros de medio punto, que se apoyan en pilares de planta cruciforme menos uno, que tiene planta circular.

Están cubiertas con bóveda de cañón, reforzadas con arcos torales de medio punto y se rematan en tres ábsides, siendo circulares los laterales. El ábside central tiene planta octogonal por el exterior, mientras que por el interior presenta un perfil sobrepasado. En él se abren tres ventanas de medio punto y doble derrame. En los ábsides laterales sólo se abre una ventana de estas mismas características.

A cada lado del presbiterio principal hay una credencia excavada en el muro con arco de medio punto.

En el exterior de los ábsides aún se conservan algunos canecillos decorados con cabezas humanas.

El actual cimborrio y la cúpula sobre la que se alza son de reciente construcción, pues el que existió antiguamente se derrumbó.

En el tercer tramo de la nave central se encuentra el elemento más característico de este templo: la capilla de San Miguel. Fue construida a finales del siglo XII, para alojar un retablo de esmaltes de Limoges, presente del rey Sancho VI de Navarra y del obispo Pedro.

La capilla fue edificada en el interior de la iglesia con cubierta a dos aguas. Su orientación es igual que la del templo, es decir, con la cabecera orientada hacia el este.

Consta de una sola nave con bóveda apuntada. Según la leyenda, se edificó sobre una cueva donde se apareció San Miguel. Su imagen se venera en el altar de esta pequeña capilla. Está tallada en madera y revestida con plata dorada. En su interior se conserva un trozo del Lignum Crucis, llevado por el caballero Don Ramiro en la cruzada del 1099.

Sobre la hornacina donde está la imagen de San Miguel, hay una ventana abocinada con arco de medio punto y dos capiteles decorados con motivos vegetales.

Se accede a la capilla por una pequeña puerta de medio punto, decorada con una arquivolta, que se apoya en dos columnas con los capiteles de tipo vegetal.

En el lado izquierdo también hay una puerta con arco de medio punto que comunica con una de las naves.

Una imposta ajedrezada recorre todo el perímetro de la capilla.

Otra leyenda romántica quiere explicar la existencia de unas cadenas situadas en la puerta de la capilla y también su construcción. El caballero Teodosio de Goñi mató por error a sus padres, debido a que cuando volvía de una batalla se le apareció un demonio disfrazado de ermitaño, quien le explicó que su mujer lo había estado engañando durante su ausencia. Al llegar a casa, mató a los padres creyéndose que eran la mujer y el criado con quien supuestamente la engañaba. El Papa le condenó a vagar por las montañas y los campos rodeado de cadenas hasta que éstas se rompieran. Un día se encontró con un dragón y Teodosio de Goñi invocó a San Miguel, el cual se le apareció, mató al dragón y lo liberó de sus cadenas. En memoria de este hecho, se dice que el señor de Goñi hizo construir la iglesia dedicada al santo, en el mismo lugar donde se le apareció y las cadenas que hay colgadas junto a la puerta son un fragmento de las que el caballero llevaba y de las que el santo lo liberó.

La pieza más preciada de todo el templo es sin duda el magnífico retablo de esmaltes y cristal de roca. Fue realizado durante la segunda mitad del siglo XII por un taller de Limoges.

Está formado por un conjunto de 37 imágenes. La imagen central corresponde a la Virgen con el Niño, está rodeada de una mandorla y los símbolos de los cuatro evangelistas en cada esquina.

Hay doce arcos dispuestos simétricamente alrededor de la Virgen, colocados en dos hileras de tres, que contienen las imágenes de los apóstoles, los Reyes Magos, de un personaje alado, una con nimbo (algunos autores la identifican con María que junto con el ángel formarían la escena de la Anunciación) y un hombre ricamente vestido con casquillo y cetro (tal vez se trata de Sancho VI). Los últimos estudios cuidadosos del retablo han puesto de manifiesto que las figuras originariamente no estaban dispuestas como las vemos en la actualidad. Las caras, pies y manos de las imágenes están cinceladas en cobre dorado. Las caras dispuestas en relieve tienen el acabado de los ojos esmaltado.

En la parte superior del retablo hay cuatro figuras más pequeñas que representan también los Apóstoles y doce medallones circulares representando escenas de luchas entre animales fantásticos y motivos vegetales. En algunos de los medallones no existe la pieza original, pues no se pudo recuperar del robo sufrido a finales de la década de los años setenta del siglo pasado por la banda de Eric el Belga.

Al lado del edificio hay un aljibe de época posterior.